La sombra en la finca cafetalera es un elemento esencial que afecta de manera directa la producción del café. A través de los árboles, se genera un microclima benéfico que contribuye en la conservación de la humedad en el ambiente y suelo. La pérdida de la humedad provoca estrés hídrico en los cafetos afectando negativamente la producción de café, sobre todo cuando se presentan sequías prolongadas. Además, las raíces y la materia orgánica que los árboles generan, disminuyen la erosión del suelo. La evaluación del Sello de Biodiversidad considera registrar el porcentaje de sombra en diferentes puntos sobre un transecto, la información es analizada a través del software SamplePoint.

Uno de las prácticas que son valoradas para otorgar la certificación del Sello de Biodiversidad es el uso de especies nativas como sombra en los cafetales. Estos árboles desempeñan un papel particular en los agroecosistemas, lo que se llama nicho ecológico. Son especies que durante miles de años se han adaptado a las diferentes condiciones geográficas y metereológicas de cada región, por lo que al ser originarias tienen mayor oportunidad de sobrevivencia. Proporcionan alimento, refugio y lugares para anidar a la fauna local.

El sello de Biodiversidad fomenta que los productores diversifiquen sus parcelas con árboles nativos de especies multipropósito con atributos ambientales, económicos y sociales. Por ejemplo, las especies del género Inga son utilizadas por sus nódulos fijadores de nitrógeno en las raíces para nutrir el suelo. Otras como Trema micrantha, Clethra mexicana y Quercus son utilizadas por la leña que proveen.

A través del Sello de Biodiversidad se ha fomentado el compromiso de los productores para conservar a largo plazo a las especies que albergan en sus tierras y así garantizar la permanencia de al menos el 89% de la biodiversidad característica del bosque mesófilo de montaña (Manson et. al., 2008).

De esta manera, impulsamos a los cafeticultores en hacer un uso sostenible de los recursos y contribuir positivamente en el manejo del cafetal bajo esquemas voluntarios de conservación como las Áreas Privadas de Conservación (APC) o Áreas Destinadas Voluntariamente a la Conservación (ADVC).

Fomentamos la generación de diferentes estratos vegetales en el cafetal en función de las especies nativas sembradas. Los estratos son las capas que se pueden distinguir entre los árboles que proveen sombra. Este arreglo vertical sugiere que existe mayor complejidad y mayor capacidad para las relaciones interespecíficas en los agroecosistemas, y también permiten albergar una mayor cantidad de fauna local. Cada estrato, tiene una función, así, por ejemplo, el estrato herbáceo permite aportar una mayor diversidad de minerales, además de la autoregulación de plagas. El estrato arbustivo es un elemento clave para el ciclo de nutrientes a partir de la incorporación de materia orgánica al suelo, como hábitat y como fuente de alimento para la fauna y protección física del suelo. Así, al generar diferentes estratos verticales estamos impactando directamente en la cantidad de luz disponible, el microclima, la cantidad de humedad y por consiguiente en la calidad del grano de café producido.